Setelah sekian lama terjadi perdebatan yang belum menemukan keputusan yang pas mengenai pembangunan jalur rel di Djawa, namun rencana rute yang akan dilalui jalur rel itu terus berkembang. Semenjak pertama kali muncul ide pembangunan jalur rel itu dari tahun ke tahun konsep rute yang akan dilalui terus berubah, dimulai dari rencana awal membangun jalur melalui Kedoe, Vorstenlanden, lalu muncul juga rancangan jalur Batavia(Jakarta) – Buitenzorg(Bogor). Namun diganti lagi menjadi Semarang – Vorstenlanden berikut juga rencana Semarang – Kedoengdjati – Willem I sampai Djocjakarta. Menteri jajahan Fransen Van de Putte yang memerintahkan pembangunan rute jalur itu kemudian memberi syarat lebar rel yang dipakai sesuai standar Eropa(1435 mm). Maka pada tahun 1862 disetujui rencana pembangunan jalan kereta api pertama di Jawa, yaitu jalur Samarang-Vorstelanden (daerah Kerajaan Yogyakarta dan Surakarta) serta jalur antara Batavia (Jakarta) – Buitenzorg (Bogor), tempat kedudukan pemerintah Hindia-Belanda termasuk juga daerah penghasil teh dan kopiyang besar.
Konsesi pembangunan jalan kereta api pertama tersebut diberikan pemerintah Hindia-Belanda kepada W. Poolman, S. Frasser, dan E.H. Kol dengan dukungan Gubernur Jenderal L.A.J.W. Baron Sloet van Beele yang mengajukan konsesi pada kepada pemerintah Kerajaan Belandajuga. Mereka mendapat konsesi selama 99 tahun yang tertulis dalam Surat Keputusan Pemerintah(Gouvernments Besluit) No. 1 tanggal 28 Agustus 1862 yang selanjutnya dikuatkan dengan Undang-Undang No. 6 Juli 1863 tentang pembangunan jalan rel kereta api lintas Samarang – Kedoengdjati – Willem I – Soerakarta – Djogjakarta – Brosot dengan menggunakan lebar sepur 1435 mm sesuai standar normal Eropa. Proses persetujuan ini membutuhkan waktu yang agak lama dimana sebelumnya pengajuan konsesi ini tidak berjalan mulus karena tidak disetujui, mengapa? hal ini disebabkan atas usulan penasehat urusan teknis Hindia-Belanda T.J. Stieltjes yang menyebarkan informasi negatif.
Konsesi yang berhasil didapat tadi langsung disambut kalangan swasta dengan membentuk Naamloze Venootschap Nederlandsh-Indische Spoorweg Maatschappij(NV. NISM/NIS) yang resmi berdiri pada 27 Agustus 1863 di Den Haag, Belanda sebagai perusahaan kereta api pertama di tanah air kita, yang selanjutnya akan melakukan pembangunan jalur rel kereta api pertama.